國立交通大學鑑於國家經濟建設之需要， 為積極培育管理人才，使之成為促進經濟發展的中堅力量，乃於民國59年8月在本校博愛校區成立「管理科學研究所」碩士班。
之後因管理教育的建教合作需求及 研究教學的拓展，於民國62年8月北遷所址，暫借台北工專為上課處所，65年8月因規模擴增，遂將所址遷至板橋電信訓練所，68年8月為配合建教合作在職 人員培訓計畫之推行，再遷至現今所址台北市忠孝西路一段114號4樓，即北門郵電大廈四樓本校台北校區。
民國70年奉行政院核定設置博士班；民國82年增 設碩士班新竹教學組並於博愛校區運作。
民國83年成立推廣教育碩士學分班，進一步推動公民營建教合作與在職教育。為更能貼切反映管理理論與實務密切結合之 走向，於民國87年8月奉准更名為「經營管理研究所」。民國91年8月增設碩士在職專班，為公民營機構在職人員提供經營管理方面在職進修的另一管道。
目標與展望
經營管理研究所基於過去三十餘年之發展經驗，深切體認到管理學術的發展必須配合文化背景與社會環境，方能產出適用於我國國情的管理理論與技術，才能有效貢獻於科技的發展和國家的現代化，故本所目標在培養瞭解國家社會與企業環境特質的高級經營管理人才與研究精英，為「加強研究發展符合我國國情的管理理論與方法，以加速我國科技及經濟的發展與進步」理念的落實共同努力。
透過潛移默化的教育訓練，本所以培養下列特質之人才為目標：
1. 能以客觀的態度對事務進行判斷並作適切的評估。
2. 具有豐富的創意及想像力。
3. 善與人相處並具備機警、圓融手腕及領導特質，有效執行團隊工作。
4. 有充分的表達能力，能以口語、文字或圖表等方式將觀點或結論作清晰的表達，使相關人士瞭解並接受。
5. 能夠善用各種專業知識於高層管理實務。
6. 能夠發掘問題、研擬問題、界定問題、分析問題及解決問題。
7. 具獨立研究之能力。
本所重點研究領域包括「策略管理」、「組織管理」、「作業管理」、「財務管理」、「行銷管理」、「人力資源管理」、「資訊管理」、「決策科學」及「科技管理」，並鼓勵跨領域之研究。發展規劃的方向係以經營管理為體，資訊科技為用，廣度與深度兼顧，理論與應用並重。除設置碩、博士班（含一般生與在職生）學程外，並在控管品質的前提下逐步落實管理碩士在職專班與推廣教育。
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